荧光显微镜用于研究化学物质在细胞中的吸收、运输、分布和定位。被测物体产生荧光有两种形式：自发光。紫外线照射后直接发出的荧光称为二次荧光。经过荧光染料处理和紫外线照射后，可以发出荧光。细胞中的一些物质，如叶绿素，在紫外线照射后会产生自发光。虽然其他物质本身没有荧光，但它们可以通过荧光染料或荧光抗体染色发出二次荧光。
荧光显微镜选择发光效率高的点光源，发射一定波长的光(紫外线365nm或紫蓝光420nm)作为一种激发光，它会激发标本中的荧光物质，发出各种颜色的半透明光，然后通过物镜和目镜的放大来观察。在如此强烈的对比环境中，即使半透明光很弱，也很容易识别，并且具有很高的灵敏度。它主要用于研究细胞结构、功能和化学成分。
荧光显微镜可分为散射显微镜和下降显微镜两种类型。前者是原始的，后者是先进的。两种荧光显微镜的基本结构相似，主要区别如下：散射激发光通过标本，整个标本产生光，然后进入物镜，放大率越大，光越弱;入射激发光投射到样品表面，样品表面产生光，然后光进入物镜。放大率越大，光线越高，适合高倍数观察。
荧光显微镜的主要部件包括汞灯源、兴奋过滤器、分色镜(脱落)、抑制过滤器、暗场聚光灯(散射)等。此外，由于汞灯的严重加热，其中大多数都配备了吸热过滤器。一些荧光显微镜也有相位差镜和环状阑尾，因此可以观察到相位差。荧光显微镜选择倒置框架、倒置显微镜等。
此外，上述所有显微镜有显微镜CCD组装成数字显微镜，将显微镜看到的物理图像转换成数字图像，并在计算机上显示图像。因此，我们可以通过传统的双眼观察和显示屏上的再现来研究微领域，从而提高工作效率。
