荧光显微镜大多是采用200W的超高压汞灯，作为光源，是用石英玻璃制作的，中间是球形，有一定数量的汞充在中间。
工作的时候，两个电极间进行放电，使得水银蒸发，球内的气压在瞬间升高，直到水银完全蒸发的时候，里面的气压可以达到50到70个标准大气压，这个过程需要5到15分钟。两个电极之间的放电使水银分子不断解离和还原，此过程发射光量子，引起超高压汞灯发光。此过程发射很强的紫外和蓝紫光，可以激发各类荧光物质，此类技术被荧光显微镜普遍使用。
新型的超高压汞灯在使用的初期不需要高电压就可以引燃，一段时间后，则需要高压启动，启动之后，维持工作电压一般是50到60V，工作电流大约是4A。200w的超高压汞灯的平均寿命是每次使用两小时的情况下大约能用200小时。注意，每次开动的时间越短，寿命则越短。超高压汞灯光源的电路包括变压，镇流，启动等几个部分。
由于超高压汞灯的压力很高，紫外线也比较强，所以灯泡B须放在灯室里面才能点燃，这样可以避免伤害眼睛和发生爆炸。超高压汞灯为荧光显微镜提供了必不可少的光源，是荧光显微镜的重要组成部分。随着科技的进步，荧光显微镜也在进行着不断的发展，但是超高压汞灯还是被普遍采用于光源的形成。
目前国产的超高压汞灯在荧光显微镜中的应用也越来越普遍，相比较国外，各方面的竞争优势也越来越大。
