1、倒置显微镜自由度大于正置显微镜
正置显微镜的试样大小限制在平均高度80 mm和重量3kg，该范围取决于所用的物镜。倒置显微镜没有这种限制。因为光学元件被放置在工作台下部，而试样则放置在物镜上方。这表明用户的工作距离更大，并可使用重达30kg大而沉重的试样。因此，如果使用大而沉重或者尺寸和重量差别很大的试样，倒置显微镜能够提供您需要的自由度，显微镜下的世界更丰富。
2、倒置显微镜使您可以在较短时间内观察更多试样
采用倒置显微镜，您只需将试样放置在工作台上，聚焦到表面一次并使其成像便可完成工作。试样在所有放大倍率下都能保持聚焦，且更多相同种类的试样也同样可以聚焦。采用正置显微镜，工作流程包含多个需要操作员执行的不同任务：切换到较小放大倍率进行定位时，需要依次降低工作台、移出工作台、取出试样架、采用新试样架、将试样放置在试样架上、保护试样并使用压片装置平整试样表面。操作员需要执行所有以上步骤，而且所有这些不同的步骤每次都伴有执行失败的风险。对于未经培训的操作员，放置试样可能是一个艰巨任务；而采用倒置显微镜，将试样放置在工作台则轻而易举，所需执行的步骤也更少，总体而言，倒置显微镜的使用方法更加简便。另一点就是：所述正置显微镜的所有步骤加起来需要花费更多时间，尤其是在您需要依次观察多个试样时。我们假设操作正置显微镜是有丰富经验的用户，即使每个步骤只需5秒钟，倒置显微镜用户也能击败其同事。
3、正置显微镜与倒置显微镜工作流程比较
根据以上假设，比起在正置显微镜上分析试样，倒置显微镜切换试样的速度要快上4倍，因此利用倒置显微镜可以实现更高的生产效率。
4、采用倒置显微镜，不会导致物镜撞坏试样
好的操作员也可能遇到物镜撞坏试样的情况，这是使用正置显微镜时人人皆知的风险。发生这种情况时，您不仅需要投资购买新的物镜，还需要丢弃试样。在大多数情况下，没有多余的物镜可以立即使用，需要重新订购。这便导致了试样工作效率降低，并且如果没有第二个显微镜可用，那么在坏情况下可能工作都要中断。倒置显微镜的设计非常有助于降低物镜撞坏试样的风险。首先，物镜位于工作台下方，因此可以获得更好的保护。其次，倒置显微镜具有上聚焦停止功能，该功能可通过定义管口上限来提供额外的安全性。因此，在保护投资的同时，您可以专注于自己的任务，而不用花时间担心可能损坏工具和试样。
5、倒置显微镜节省制备试样的时间和金钱
因为照现在的情形采样并将其放置在工作台上，试样制备将受到限制。另外，只有试样的一侧需要处理，当试样不需要嵌入时，也就无需将更大的试样切成几个部分，与正置显微镜相比，倒置显微镜可以为您节省更多的时间。在显微镜上处理试样时，也无需使用压片装置平衡试样。您制备试样只需执行两个步骤，而不是七个。这可以节省您的时间和金钱。
6、倒置显微镜的操作方向和普通习惯一样
如果用正置显微镜观察试样，根据正置显微镜的原理，您的大脑会遇到一个棘手的问题：向左移动工作台时，您通过目镜看到的试样图像是向右移动的。当然，反之亦然。
7、如果用倒置显微镜观察试样，试样图像与工作台会朝着相同方向移动。这种运动方式符合我们对于运动的常规习惯。尤其对于未经培训的用户，倒置显微镜的使用方法从真正意义上减轻了工作，因为他们不必考虑试样移动的方向，只需要像未通过光学元件一样操作。做事情时不用思考可以节省时间，由此可以加快您的工作进程。
