在某些实验过程可能不明原因的无法得出满意结果，此时，一个很好的试验方法是用徕卡荧光显微镜检查标本，如果在徕卡荧光显微镜下肉眼可看到荧光，则在徕卡共聚焦系统，其荧光信号应很亮。如果在徕卡共聚焦系统看不到图像，一方面要检查使用的荧光控针与仪器的激发波长是否匹配，另一方面应使用己知的测试样本全部检查共聚焦系统各部分。图像的数字文件应适当编号，并为具体的实验者所专用。尤其是在进行图像命名时尽量少用姓氏作为文件名，这样很容易混乱和重复。而且每幅图像应详细记录各种采集参数，包括激光功率、增益、背底水平、针孔直径、zoom值和使用的物镜。
在使用徕卡共聚焦显微镜实验本身的问题常常是由试剂的降解引起的，应进行一系列的诊断测试。实验使用的试剂自己亲自新鲜配制。抗体应等分为小份后分别储存。许多试剂可以重复使用，而且并不影响实验结果，尤其对于昂贵的试剂和稀有的试剂更应注意节约和尽量重复使用。
有时 
实验失败可能是由于抗体降解引起的。陈旧的标本可造成背底荧光的增加，从标记的第二抗体分离出来的荧光色素和弥散到组织中的荧光色素，可以引起荧光渗透。在尽可能的情况下，应使用新鲜制备的标本观察。有时改变荧光控针的浓度和分布也对获得理想的实验结果大有帮助。如荧光黄渗透到罗丹明通道，可将荧光团调使罗丹明位于较强的通道，因为荧光黄的激发光谱有一个尾部位于罗丹明的激发波长内。
