激光扫描共聚焦荧光显微镜是一种利用计算机、激光和图像处理技术获得生物样品三维数据、目前较先进的分子细胞生物学的分析仪器。主要用于观察活细胞结构及特定分子、离子的生物学变化，定量分析，以及实时定量测定等。
激光共聚焦显微镜原理：利用放置在光 
源后的照明针孔，和放置在检测器前的探测针孔，实现点照明和点探测。来自光源的光通过照明针孔发射出的光聚焦在样品焦平面的某个点上，该点所发射的荧光成像在探测针孔上，该点以外的任何发射光均被探测针孔阻挡。照明针孔与探测针孔对被照射点或被探测点来说是共轭的，因此被探测点即共焦点，被探测点所在的平面即共焦平面。
计算机以像点的方式将被探测点显示在计算机屏幕上，为了产生一幅完整的图像，由光路中的扫描系统在样品焦平面上扫描，从而产生一幅完整的共焦图像。只要载物台沿着Z轴上下移动，将样品新的一个层面移动到共焦平面上，样品的新层面又成像在显示器上，随着Z轴的不断移动，就可得到样品不同层面连续的光切图像。
与传统光学显微镜的区别
传统荧光显微镜有一个难以克服的缺点：焦平面以外的荧光结构模糊、发虚。原因是大多数生物学标本是重叠结构，假若荧光标记的结构在不同层次上都有分布，且重叠，来自焦平面上方或下方的散射荧光也被物镜所接收，荧光显微镜的分辨率就要大大降低。
在传统光学显微镜基础上，激光扫描共聚焦显微镜用激光作为光源，采用共轭聚焦原理和装置，并利用计算机对所观察的对象进行数字图像处理观察、分析和输出。可以对样品进行断层扫描和成像，进行无损伤观察和分析细胞的三维空间结构。同时，利用免疫荧光标记和离子荧光标记探针，该技术不仅可观察固定的细胞、组织切片,还可以对活细胞的结构、分子、离子及生命活动进行实时动态观察和检测，在亚细胞水平上观察诸如Ca2+，pH值，膜电位等生理信号及细胞形态的变化，成为形态学、分子细胞生物学、神经科学、药理学、遗传学等领域中新一代强有力的研究工具。
